تعاليمه وقام بعزل المخالفين لأوامره واسترجاع بعض الكهنه القدامى من منفاهم بالأديرة وقام بترسيم بعضهم أساقفة على المحافظات ..
وأصدرت التعليمات من قبل رهبان جماعة الأمة القبطية لتلاميذه وبطانته وكل الكهنة المواليين للجماعة والمسيطرون على مقاليد حكم الكنيسة بالتصدى له بكل قوة ومخالفته .. وتزعمهم الراهب أنطونيوس السرياني (الأنبا شنودة بابا الأقباط النصارى الحالى) ومعلمه متَّى المِسكين .. حيث أظهر الراهب أنطونيوس السرياني معارضة قوية لأوامر بابا الأقباط النصارى كيرلس السادس ورفض بقوة ترشيحة وتعيينه لبعض الأساقفة .. بل وأظهر خلافًا حادًا معه بالكنيسة أثناء ترسيم بابا الأقباط النصارى لأحد الأساقفة .. واستنكر الراهب أنطونيوس هذا الاختيار ورفض الاعتراف بالمراسم وحضورها .. واعتبره كيرلس السادس تحديا له وتتدخلا في سلطاته وخروجا عن الولاء له ومخالفا لتعليماته .. ولكن الراهب أنطونيوس السرياني (بابا الأقباط النصارى شنودة حاليا) كان أشدّ ولاءًا لقياداته رهبان جماعة الأمة القبطية .. واعتقاده وإخلاصه لتعاليم الجماعة العنصرية المتطرفة أكثر وأشدّ من إخلاصه لتعاليم المسيحية .. لذا رفض وبكل قوة الإنصات والانصياع لأوامر كيرلس السادس ..
وكان الراهب أنطونيوس قد فاق أساتذته ومعلميه إخلاصًا لفكر تلك الجماعة المنحرفة عقائديًا المتطرفة العنصرية .. وانضم له معلمه الراهب متَّى المِسكين والذي بدوره انشق عن معلمه كيرلس السادس (الراهب مينا المتوحد قبل أن يصبح بابا للكنيسة) .. وقاد الاثنان جبهة معارضة قوية ضد بابا الأقباط النصارى وخروجا عن تعاليمه ..
وكان الراهب أنطونيوس السرياني أسقفا للتعليم من وقت أن عينه كيرلس السادس بهذا المنصب وأبلى الراهب أنطونيوس بلاءا حسنا في نشر وترسيخ فكر الجماعة العنصرية المتطرفة في عقول كل تلك الأجيال المعاصرة والى وقتنا هذا حيث أنه ما زال يشرف بنفسه على ترسيخ كل الأفكار العنصرية المخالفة للتعاليم المسيحية والكارهة والمعادية لكل ما هو غير قبطي أرثوذكسي ..
وبدأ الصراع يشتد بين الاثنين بابا الأقباط النصارى كيرلس السادس المرتد عن فكر الجماعة والراهب أنطونيوس السرياني الموالي لتعاليم الجماعة والمخلص لها .. وينقلب السحر على الساحر ويتذوق كيرلس السادس من نفس الكأس بل ويتجرعه والَّتِي أذاقها لبابا الأقباط النصارى السابق له يوساب الثاني .. ومثلما يقال كما تدين تدان .. وتمضى الأحداث أكثر سخونة وغرابة ..