يعمل بقوانين الدير بكل تعاليمه في الصلاة والعمل وغيرها .. ولكن مع دخول الإرساليات التبشيرية الكاثوليكية والبروتستانتية مع الاحتلال الأجنبي لمصر وازدياد تواجدها حدث تغيير كامل في منهجه الفكرى والعقائدى .. حيث خرج بنظرية فلسفية لخدمة الرب برؤيته مخالفة تماما لتعاليم الكنيسة القبطية في ذلك الوقت .. ومناقضة للمسيحية .. فقد دفعته غيرته وقلقه على الكنيسة القبطية وكراهيته لكنائس الغرب إلى أن يبتدع فكرا متطرفا يحث به أتباعه على وجوب تصنيف أعداء الكنيسة وترتيبهم تبعا لحجم خطورتهم على وجودها ومن ثم تحديد أفضل أساليب التعامل معهم لسحقهم .. لبناء كنيسة قبطية عظيمة واسعة النفوذ استعدادا لاستقبال المسيح في الأيام الأخيرة .. كنيسة يرضى عنها الرب ويبارك جنودها ..
ووضع أعداء الكنيسة على الترتيب:
• اليهود باعتبارهم المسئولين عن قتل وصلب المسيح حسب عقيدتهم .. ولم يعلنوا براءتهم وتوبتهم عن فعلتهم ولم يعترفوا به.
• الكنيسة الكاثوليكية باعتبارها ألد أعداء الأقباط النصارى وكارهة لكنيستهم المرقصية منذ أن حكم الرومان بعد اعتناقهم المسيحية كنيسة الإسكندرية في القرون الأولى للمسيحية وذاق الأقباط النصارى على أيديهم ألوان العذاب .. فقد اعتبرهم الرومان منحرفين عن المسيحية بخلطها بمعتقدات فرعونية وثنية .. وهم إلى الآن يعتقدون أن القبطية مزيج من المسيحية مشوهة بمعتقدات متوارثة عن الفراعنة فالأقباط النصارى يسمون بأسماء الفراعنة الملعونين في العهد القديم مثل رمسيس واحمس وغيرهم .. وهم يسمون بأسماء آلهه الفراعنة الوثنيين مثل إيزيس وحورس وغيرها من الأسماء .. بالإضافة إلى مراسم الموت والأربعين والخميس وغيرها واحتفالاتهم بأعيادهم .. ووجد الراهب أنطونيوس أن توافد إرساليات الكنيسة الكاثوليكية تدل على استمرار أطماعهم في كنيسة الإسكندرية مما يشكل خطورة على الكنيسة القبطية وأتباعها.
• كنيسة البروتوستانت حيث يعتقد الأقباط النصارى بكفر تلك الكنيسة الغربية واسعة الانتشار ويعتبرونها كنيسة الشيطان منذ أن أسسها مارتن لوثر ويحرمون الزواج منهم ومن باقي الملل أو ارتياد كنائسهم أو الصلاة بها.
• كافة إرساليات الكنائس الغربية الأخرى مثل الإنجيلين الأولى والسبتيين وغيرها.
• المسلمين منذ دخولهم مصر وتحول الأقباط النصارى للديانة الإسلامية ولكنه اعتبرهم أقل خطورة من مسيحي الملل الأخرى المخالفين لشرائع كنيستهم والمشوهين للعقيدة المسيحية بالرؤية الأرثوذكسية القبطية .. وحيث لم يمثل المسلمون خطورة على كنائسهم أو تحريم شعائرهم مثلما فعل الرومان بهم.