للمادة الغذائية عادة كيان خاص بها، فكثير من المواد الغذائية النباتية لها طبقة خاصة أو قشرة صلبة تحميها من المؤثرات الخارجية، كما أن بعضها يغطي بطبقة
شمعية أو زغبية. ويساعد هذا النوع من الوقاية الطبيعية على صياغة المادة الغذائية من التلوث أو الفساد لفترة محدودة من الزمن فالمادة الغذائية التي ليس لها مثل هذا الكيان الواقي تكون أكثر وأسرع تعرضا للفساد كاللبن مثلا. وما دامت المادة الغذائية محتفظة بهذا الكيان فإن محتوياتها الداخلية تبقى منفصلة عن الوسط الخارجي، وبالتالي تكون أقل عرضة للفساد أو لنقل الأمراض.
أما إذا تهشم هذا الكيان لسبب ما نتيجة للخدوش أو الجروح أثناء الجميع أو النقل أو التخزين، أو نتيجة لتعرضها للقوارض أو الطيور أو الحشرات وغيرها فإن المادة الغذائية تصبح معرضة للوسط الخارجي وتبدا بالفساد السريع ونمو الأحياء الدقيقة المرضية بها عند تلوثها. فتهشم المادة الغذائية يؤدي على زيادة السطح المعرض فيها، كما يؤدي على تعرض ما بداخلها للعوامل الخارجية كالهواء والأحياء الدقيقة. فالفاكهة السليمة مثلا تحتفظ بحالتها مدة أطول من مثيلتها التي تهشمت قشرتها أو جرحت أو ثقبت وإذا ما أدى هذا التهشم إلى تهشم جدر الخلايا، فإن العصارة الخلوية تتعرض للتخمر بسرعة بواسطة الخميرة المنتشرة في الهواء. وقياسا على ذلك يكون اللحم المفروم أكثر وأسرع تعرضا للفساد من اللحم قبل فرمهن وذلك نتيجة لزيادة المعرض وخروج العصارة الخلوية السهلة التحلل في الحالة الأولى.
لهذا كان من الضروري عند جمع المحاصيل الغذائية أو تعبئتها أو نقلها أو تخزينها، مراعاة الطرق الفنية في ذلكن لمنع تهشمها أو إصابتها بالآفات المختلفة، ولحمايتها من فعل المكروبات أو التفاعلات الكيميائية البحتة، نتيجة لاتصال محتوياتها بالهواء أو نتيجة التفاعلات الإنزيمية المختلفة سواء كانت من الإنزيمات الموجودة أصلا فيها، أو تلك التي تفرزها المكروبات. ويحدث فساد الأغذية نتيجة لعدة عوامل تؤدي إلى إحداث تغيرات في مظهرها ولونها ورائحتها وتركيبها الكيميائي. وتتوقف سرعة الفساد على حالة المادة الغذائية، ومدى تعرضها لهذه العوامل ويوجد ثلاثة عوامل رئيسية يتوقف فساد الأغذية على مدى نشاطها، وهي فعل الأحياء الدقيقة والتفاعلات الكيميائية والتفاعلات الإنظيمية. ويتوقف نشاط هذه العوامل على عوامل أخرى خاصة كدرجة الحرارة ونسبة الماء وتركيب المادة الغذائية ووجود مواد منشطة أو مثبطة لعوامل الفساد.
وعندما تتلوث المواد الغذائية بالمكروبات تحدث عدة تغييرات في التركيب.