يتعرض الطعام للتلوث بمكروبات الأمراض التي تصيب الإنسان وتسبب له أضرارا بالغة وذلك عن طريق عدة مصادر تبدأ بالتربة والمياه ثم الحيوان والحشرات وتنتهي بالإنسان نفسه وطرق تداوله وتعامله مع الطعام أثناء التصنيع والتوزيع والإعداد للطهي والتقديم حتى يصل إلى فم المستهلك وعادة تقسم الأمراض التي تصيب الإنسان وتكون مصاحبة لتناول أغذية ملوثة إلى قسمين:
١- أمراض التسمم الغذائي food poisoning: نتيجة لتناول أغذية ملوثة بالمكروبات المنتجة لذيفانات toxins تولدها الجراثيم أثناء تكاثرها في الطعام وأهمها الجراثيم المسببة للتسمم الوشيقي botulism وهي المطية الوشيقية Clogtridium botulinum والعنقودية الذهبية staphylococcus aureus وينتج التسمم من تناول الطعام الذي قد تكاثرت فيه الجراثيم وأفرزت ذيفاناتها به قبل تناوله، وهذه الذيفانات لا تتأثر بطرق الطهي العادية وتظهر الأعراض بعد تناول الطعام بثلاث ساعات على شكل غثيان وقيء وإسهال دون ارتفاع درجة الحرارة، وتستمر عدة ساعات ثم تختفي. وهذا النوع من التسمم واسع الانتشار ويشكل خطورة في حالات الإصابة للأطفال والمسنين.
٢- أمراض معدية نتيجة لتناول أغذية ملوثة "حالات عدوى منقولة بالغذاء"- Food Borne infections: وهي الأمراض التي تنقلها أغذية ملوثة بالمكروبات أو الأبواغ الحية التي لها القدرة على مهاجمة أنسجة الإنسان وإحداث المرض مثل مكروبات السلمونيلة والإيشريكية القولونية والعصوية الشمعية والضمة نظيرة حالة الدم والبروسيلة واللسترية والعطائف campylobacter، بالإضافة على المكروبات المسببة لأمراض الكوليرا أو الخناق "الدفتيريا" والسل والتهاب البلعوم والحمى القرمزية.
وتلعب طرق الكشف عن التلوث المكروبي للأغذية دورا أساسيا في تحديد التلوث بالمكروبات الممرضة أو العامل المسبب للتسمم الغذائي، وفي تحديث نوعية ذيفانات مختلف المكروبات بدقة وفعالية.
ويلاحظ أن هناك ارتباطا وثيقا بين بعض المكروبات وأغذية معينة، كشيوع أمراض المكروبات العنقودية في منتجات اللحوم والدواجن والألبان، ومكروبات المطثيات الوشيقية في الخضراوات ذات درجة الباهاء "الأس اليهدروجيني" ph المنخفضة التي تحفظ بطريقة غير صحيحة، ومكروبات المطثيات الحاطمة clostridium perfringens في اللحوم المطبوخة المبردة ببطء، والسلمونيلة في البيض والألبان ومشتقاتها، ومكروبات الضمان نظيرة حالة الدم vibrio parahaemoliticus في الأغذية البحرية، ومكروبات العصوية الشمعية Bacillus