قام شنودة بتخصيص الجزء الأكبر من ميزانية الكنيسة وارباحها وأموالها الَّتِي حققتها بمصر لدعم الأقباط النصارى بالخارج ولم شملهم وبناء الكنائس ومراكز لخدمة الأقباط النصارى بالخارج ودعم مشاريعهم وترسيخ وجودهم ونفوذهم لاستخدامهم مستقبلا لخدمة الكنيسة ..
وبالفعل بدأ بثلاث مراكز أساسية للأقباط:
أحدهم بألمانيا وتحديدًا مدينة فرانكفورت واختصت بأحوال الأقباط النصارى بعدد من الدول الأوروبية حيث كانت فرانكفورت تتوسط مركز التقاء الخطوط وخصص لها بعض الكهنة والأقباط النصارى المساعدين لهم من المقيمين بألمانيا كلجنة كنائسية مهمتها الإشراف والتواصل مع الأقباط النصارى ببعض الدول الأوروبية وتقديم الإعانات والتسهيلات لهم لإنشاء مشاريع معظمها تمثلت في شركات للسياحة وبازارات ومحلات تجارية وكذلك دعم الراغبين بالدراسة من الأقباط النصارى ..
والمركز الثانى بتورنتو بكندا واختص بمهاجرين أمريكا الشمالية .. وعلى نفس النهج خصص له لجنة كنائسية من كهنة تلامذة شنودة وبعض العلمانين المخلصين لكنيسته من الأقباط النصارى المهاجرين بكندا المساعدين لهم والمتقنين للغة وقامت بتقديم الخدمات للأقباط والإشراف ومتابعة أحوالهم حتَّى هؤلاء من المقيمين بالمدن والولايات البعيدة بكندا والولايات المتحدة ..
والمركز الثالث بأستراليا والذي اقيم بها أول كنيسة عهد كيرلس السادس في ٢٢ يناير ١٩٦٩ واعتبرت من أهم المراكز القبطية الَّتِي قدمت الكثير من الخدمات وساعدت في ترسيخ نفوذ الأقباط النصارى بأستراليا .. وأصبحت تلك المؤسسات الكنائسية القبطية خارج مصر مراكز جذب للأقباط المهاجرين وربطهم بكنيستهم الام بمصر وتقديم الدعم والتمويلات اللازمة لهم لإنشاء المشاريع الَّتِي اقتطع جزءا من ارباحها لخدمة الكنيسة بالداخل والخارج ..
ولم تبخل كنيسة شنودة على دعم وتوسيع نفوذها بالخارج بإنشاء مراكز ومؤسسات كنائسية ومنها دير الأنبا أنطونيوس بكاليفورنيا وكنائس بإنجلترا ودول أوروبية أخرى مولت جميعها بأموال من داخل مصر وأشرف علي تنفيذها مساعدين من أقرب المقربين لشنودة والذي انقلب على عدد منهم بعد ذلك وأطاحهم ..
بل وجردهم من مكانتهم الكهنوتية ووصل الأمر به إلى حرمان البعض من الصلاة الجنائزية عند الموت ممن كانوا من أقرب المواليين والمخلصين له والذين ساهموا بجهد كبير ورحلات خارج البلاد وتحملوا الكثير من المخاطرة والإشراف على تهريب الملايين من الأموال والعملات الصعبة خارج مصر لترسيخ الكنيسة القبطية وتوسيع نفوذ رعاياها بدول أوروبا ودول المهجر بكندا وأمريكا وأستراليا ..