كان من أسوأ آثار الاستعمار إضعاف شوكة الإسلام وإبعاده عن مجال الحيال السياسية، وحصره فى دائرة ضيقة، بعيدًا عن المجتمع، تطبيقا لمبدأ "فصل الدين عن الدولة"، ولقد كانت شروط الصلح مع تركيا فى مؤتمر "لوران"، سنة ١٩٢٣ م المعروفة بشروط "كيرزون" الأربعة دليلا على نوايا الاستعمار السيئة ضد الإسلام وهى:
١ - قطع كل صلة بالإسلام.
٣ - إلغاء الخلافة الإسلامية.
٣ - إخراج أنصار الخلافة والفكرة الإسلامية من البلاد.
٤ - اتخاذ دستور مدنى بدلا من دستور تركيا القديم المؤسس على الإسلام.
كما كان من آثار الاستعمار الوقوف أمام كل حركة إصلاحية على أساس الدين، ومن ذلك مقاومتهم لحركة "تيبوتيب" فى الكونغو، وحركة "رابح ابن الزُّبَير" فى السودان، وكذلك حركة "عمر تال"، "أحمد سامورى"، "عثمان دنفديو" وغيرهم.
وكان من أثر الاستعمار أيضًا تفتيت الوحدة الإسلامية بخلق الفتن والمشاكل وقيام الأحزاب وإحياء