٣- توضع الكلمة ومقلوباتها في مادة واحدة وبذلك ترد الكلمة وقد جردت من حروفها الزوائد في أول موضع ممكن، فالحروف "ك ت ب" يمكن أن تأخذ الترتيبات التالية: ١- كتب، ٢- كبت، ٣- تكب، ٤- تبك، ٥- بكت، ٦- بتك، وتعد كل هذه المواد مجموعة واحدة.
ولا شك أن هذه الفروض الرياضية لا تجد لها في اللغة شواهد على كل صيغة من الصيغ السابقة، وقد أطلق الخليل على الصيغ الموجودة فعلا مصطلح المستعمل وعلى الصيغ غير الموجودة والممكنة نظريًّا المهمل، وبغض النظر عن نسبة المستعمل والمهمل من كل مجموعة من الحروف فإن هذه المجموعة تناقش كوحدة واحدة. وتأتي المجموعة كاملة وفق أحد حروفها، قد يكون الأول أو الثاني أو الأخير، يتحدد ذلك بجدول المخارج، فكلما كان الحرف سابقًا في جدول المخارج جاء بمجموعته كاملة إلى مكانه. وبذلك تأتي أي كلمة بها حرف العين في القسم الخاص بالعين وهو أول أقسام كتاب العين، وبالمثل لا تأتي كلمة بكت تحت الباء لأن الباء تأتي متأخرة في ترتيب المخارج ولكنها تأتي تحت الكاف لأن الكاف أسبق من الباء والتاء في التريب المخرجي.
٤- رتب الخليل الحروف العربية وفق المخارج، وبدأ بأصوات الحلق ثم ذكر باقي الحروف منتهيًا بالحروف الشفوية، وختم ترتيبه بأصوات العلة والهمزة، لم يبدأ الخليل بالهمزة أو بالألف لما لاحظه من تغير صوتي يؤدى بها، ولكنه بدأ معجمه بكتاب العين باعتبارها الصوت الحلقي الأول الذي لا يتغير في الأبنية الصرفية، وقد سمي المعجم باسم أول قسم فيه كتاب العين.
وقد احتفظت مجموعة من المعاجم العربية العامة بمنهج الخليل وطبقته من