لقد ذكر بروكلمان وفؤاد سزكين وآخرون نسخاً كثيرة للموطأ. ولعل أوسع وأشمل تسجيل لهذا الكتاب هو ما جاء في الفهرس الشامل للتراث العربي الإسلامي المخطوط. فقد سجل هذا الكتاب أكثر من مائتين وخمسين مخطوطة.
من منهج مؤلفي «الفهرس الشامل» أنهم يذكرون المخطوطات المؤرخة ثم المخطوطات التي غفل عنها التاريخ، وفي المخطوطات المؤرخة يبدؤون بأقدم مخطوطة. على كل، كنت فرحاً بأن انتخاب المخطوطات يكون يسيراً، لأن العدد ضخم وكبير.
وقبل أن أسرد الكلام أود أن أذكر نقطة أساسية، وهي أن قيمة المخطوطات تتوقف على السماعات المذكورة في المخطوطة نفسها، فكلما زادت السماعات، وكلما كان فيها توقيعات كبار المحدثين كلما كانت المخطوطة أقيم. قال أحمد شاكر رحمه الله في تقدمته لسنن الترمذي:«وعلى أنه لم يقع لي منه نسخ يصح أن تسمى أصلاً، بحق، كأن تكون قريبة من عهد المؤلف، أو تكون ثابتة القراءة والأسانيد على شيوخ ثقات معروفين. ولكن مجموع الأصول التي في يدي يخرج منها نص أقرب إلى الصحة من أيّ واحد منها».