ولكن الناسخ لم يتبع هذا المنهج على الدوام، بل غفل عنه أحياناً كثيرة، وعلى سبيل المثال:
في صدقة الماشية، ذكر كلاماً بالهامش «ذلك إلى مائتين شاتان وما فوق» ولم يكتب «الأصل» بعد نهاية الكلام.
وفي باب النذر في الصيام، ذكر حديث مالك أنه بلغه، حتى قال: من مات وعليه نذر من رقبة يعتقها أو صيام أو صدقة أو بدنة بأن يوفي ذلك عنه وكتب بالهامش «فأوصى» ولم يذكر في نهاية الكلام «الأصل» كالمعتاد انظر ص ٩٧
[منهج الناسخ في ذكر اختلاف الروايات]
يذكر الناسخ اختلاف الروايات بالهامش، ولكنه يخالف هذا الأسلوب أحياناً، فيذكره في صلب الكتاب مع كتابة حرف أو حرفين فوق الكلمة نفسها، ومثال ذلك:
ما جاء في عتق المكاتب «فيعتقوا»«ويقصد بذلك في الأصل: فيعتقوا، وفي رواية أخرى «فيعتقون» ص ١٨٨
كتب في الأصل «فإذا مضى للحامل» يعني في نسخة أخرى «فإذا مضت» ص ٢٧٦
الفقرة رقم ٢٦٤٨ كتب في الأصل «وشركاؤه غيب كلهم إلا رجل».
يعني في رواية أخرى: إلا رجلاً
وفي ص ٣٣٣ «ثمان عشرة ليلة» يعني في نسخة: ثماني عشرة ليلة.
وفي ص ٣٣٩ كتب في الأصل «طارق»، وكتب بالهامش «قاً» يعني في نسخة أخرى: طارقاً.