وبادر جلال الدولة مسرعا إلى بغداد فوصلها في شوال وطلب من الخليفة المقتدى بأمر الله أن يترك عليه بغداد وينتقل عنها إلى حيث أراد، إما المدينة أو مكة أو البصرة أو أصفهان فاختار أصفهان، وكان في عمل الآلات والتهيؤ للمسير. ولما كان اليوم السادس عشر من شوال سنة خمس وثمانين وأربع مائة توفى السلطان جلال الدولة أبو الفتح ملك شاه بن ألب أرسلان. قيل: مات موتا طبيعيّا، وقيل: مات مسموما على يد خردك الخادم، والله أعلم بجليّة الحال.
وتوفى الإمام المقتدى بأمر الله، أبو القاسم عبد الله في المحرم سنة سبع وثمانين وأربع مائة وهو ابن تسع وثلاثين سنة. وكانت خلافته تسع عشرة سنة وشهورا.