ثم بالأزهر بالقاهرة، حيث اتجه إلى دراسة العلوم الطبيعية والتاريخية إلى جانب العلوم الإسلامية. وجاء جمال الدين الأفغاني إلى مصر، فلازمه وأخذ عنه الفلسفة والمنطق، وتأثر به كثيرا. ونال شهادة العالمية (سنة ١٨٧٧ م) فاشتغل بالتدريس في دار العلوم ومدرسة الألسن، وأخذ ينشر آراءه الحرة في الصحف، مما أثار عليه حقد المحافظين، فعزل من وظيفته وأبعد إلى قريته. ثم دعي إلى رئاسة تحرير "الوقائع المصرية"، وكانت حكومية، فصارت في عهده صحيفة الرأي الحر. وقامت الثورة العرابية، فنفخ في نارها، وكان في جملة مناصريها، وأفتى - على ما قيل - بخلع الخديوي توفيق، وحين أخمدت، واحتل الإنكليز مصر، سجن ٣ أشهر للتحقيق، ونفي إلى بلاد الشام، فأقام في بيروت سنة، انتدب خلالها للتعليم الديني في الكلية الإسلامية، ثم سافر إلى باريس، فأصدر مع جمال الدين الأفغاني مجلة "العروة الوثقى"(١٣ مارس ١٨٨٤) لمحاربة الإستعمار والطغيان في البلاد الإسلامية. ولمحمد عبده فيها "فصول في النقد والجدل والتوجيه السياسي العالي، بلغ فيها الذروة في نضج التفكير واستواء البيان وسمو