برسالته وهو في العاشرة، وافتداه بنفسه ليلة الهجرة، وشهد معه جميع الغزوات، إلا تبوك لأن النبي (صلى الله عليه وسلم) استخلفه في أهل بيته. تزوج فاطمة بنت الرسول وأنجب منها الحسن والحسين وزينب وأم كلثوم. ولما آخى النبي (صلى الله عليه وسلم) بين أصحابه قال له: أنت أخي. بايعه المسلمون بعد مقتل عثمان بن عفان سنة ٣٥ هـ، وبدأ فعزل عمال عثمان على الأمصار، فمنهم من قبل، ومنهم من رفض. وكان معاوية بن أبي سفيان والي الشام من الرافضين، وبينما كان علي يعد العدة للسير إليه، قام بعض أكابر الصحابة يطلبون القبض على قتلة عثمان وقتلهم، وتوقى علي الفتنة فتريث، فغضبت عائشة وقام معها جمع كبير في مقدمتهم طلحة والزبير، وقاتلوا عليا، فكانت وقعة الجمل (سنة ٣٦ هـ) التي انتصر فيها علي، واتخذ بعدها الكوفة عاصمة له. ثم كانت وقعة صفين (سنة ٣٧ هـ) بين جيش علي وجيش معاوية، واستمرت مئة وعشرة أيام، قتل فيها من الفريقين سبعون ألفا، وانتهت بتحكيم أبي موسى الأشعري وعمرو بن العاص، فاتفقا سرا على خلع علي ومعاوية، وأعلن أبو موسى ذلك، وخالفه عمرو فأقر معاوية. فافترق المسلمون ثلاثة أقسام: