اختلف العلماء في عد آي القرآن، والخلاف فيه محتمل مقبول؛ لأنه لا أثر له في أصل القرآن، وإنما يقع أثره في أمور، منها:
١ - أن الوقف على رأس الآية سنة عند بعض العلماء، ومعرفة مكانه يعين على تطبيق هذه السنة.
٢ - أنها تتعلق ببلاغة القرآن، فالوقف على رأس الآية - ولو كان ما بعدها متعلقًا بها من جهة المعنى - مقصد من مقاصد المتكلم، وإلا فما فائدة رأس الآية، لذا فإن من يقف على رؤوس الآي التي تتعلق بما بعدها، فإنه يستجلب ذهنك للتفكير والتدبر في هذه الجملة التي انقطع فيها المبتدأ عن الخبر، وشبه الجملة عن متعلقه … إلخ.
٣ - وكان الصحابة ﵃ يتعاملون به في تقدير زمن بعض الأمور المتعلقة بتوقيت الصلاة، فكانوا يحسبونها بعدد الآي: عن أنس، عن زيد بن ثابت ﵁، قال:«تسحرنا مع النبي ﷺ، ثم قام إلى الصلاة»، قلت: كم كان بين الأذان والسحور؟ قال:«قدر خمسين آية»، [رواه البخاري:(١٩٢١)].
وتُنسب مذاهب علم عد الآي إلى جماعة من كبار علماء القراءة في أمصارهم، وتُروى بالأسانيد المتصلة إليهم.