الثاني: اتهامه بالقدر، وهي تهمة اتهم بها كثير من المحدثين ولم تنل منهم، وقد أخرج مسلم في صحيحه عن بعضهم. أخرج الخطيب عن أبي زرعة الدمشقي قال: "ومحمد بن إسحاق رجل قد أجمع الكبراء من أهل العلم على الأخذ منه، منهم: سفيان، وشعبة، وابن عيينة، وحماد بن زيد، وحماد بن سلمة، وابن المبارك، وقد اختبره أهل الحديث فرأوا صدقا وخيرا، مع مدحة ابن شهاب له، وقد ذاكرت دحيما قول مالك في ابن إسحاق فرأى أن ذلك ليس للحديث، إنما هو لأنه اتهمه بالقدر". وقال الجرجاني: الناس يشتهون حديثه، وكان يُرمى بغير نوع من البدع، وقال موسى بن هارون: سمعت محمد بن عبد الله بن نمير يقول: كان محمد بن إسحاق يُرمى بالقدر، وكان أبعد الناس منه. الثالث: تتبعه لغزوات النبي صلى الله عليه وسلم من أولاد اليهود الذين أسلموا وحفظوا قصة خيبر وغيرها. "انظر: مع الرسول صلى الله عليه وسلم ص١٢٤، ١٢٥ بتصرف".