الاختلاف في الإسناد، أو المتن، لذا أخذ هذا الجانب حيزاً كبيراً من كتابيه "الجامع"، و "العلل الكبير"، ولا يخفى أن جل الأخبار التي علّلها في "العلل الكبير" موجودة في كتابه "الجامع"، فهل "العلل" مأخوذ من "الجامع" أو هو تأليف مستقل؟ يظهر أنه كتاب مستقل، فقد يكون الترمذي ألف "الجامع" أولا، ثم أفرد الحديث المعلول منه، ويؤيد هذا أن في "العلل الكبير" أسانيد ليست موجودة في "الجامع"، وكذلك بعض التعليقات على الأحاديث، والله تعالى أعلم.
وأما "العلل الصغير" الذي كان ملحقاً بكتابه، ففيه أيضًا حديثٌ عن ذلك بذكر الغريب وأنواعه، وما يتعلق بالجرح والتعديل، وأنه مشروعٌ، بالإضافة إلى بيان منهجه في الكتاب، وأسانيده إلى من نقل عنهم.
وقد تميز أبو عيسى ﵀ بتمكنه من علم العلل، وبدقته في نقد الأخبار، ومن الأمثلة على ذلك:
١ - قال ﵀ في باب ما جاء في السواك: (حدثنا أبو كريب، قال: حدثنا عبدة بن سليمان، عن محمد بن عمرو، عن أبي سلمة، عن أبي هريرة، قال: قال رسول الله ﷺ: "لولا أن أشق على أمتي لأمرتهم بالسواك عند كل صلاة".
قال أبو عيسى: وقد روى هذا الحديث محمد بن إسحاق، عن محمد ابن إبراهيم، عن أبي سلمة، عن زيد بن خالد الجهني عن النبي ﷺ.
وحديث أبي سلمة، عن أبي هريرة وزيد بن خالد، عن النبي ﷺ كلاهما عندي صحيح؛ لأنه قد روي من غير وجه، عن أبي هريرة، عن النبي ﷺ هذا الحديث، وحديث أبي هريرة، إنما صح لأنه قد روي من غير وجه.
وأما محمد فزعم أن حديث أبي سلمة، عن زيد بن خالد أصح.