وأهم الفرق التي انتقد الصحابة والتابعون - رضي الله عنهم - منهجهم في التعامل مع القرآن الكريم وتفسيره: الخوارج، والشيعة، والقدرية:
أولاً: الخوارج.
وهم أكثر الفرق التي انتقدها الصحابة والتابعون؛ ذلك أنهم أول الفرق ظهوراً، وأكثرها أتباعاً، وأشدها فتنة، فقد كانت لهم شوكة ومنعة، وقام بعض زعمائهم بمناظرة الصحابة، وإثارة الشبهات حول آيات القرآن كنافع بن الأزرق، فقد نقل المفسرون وغيرهم مناظرات كثيرة جرت بينه وبين ابن عباس - رضي الله عنهما -.