الإسلامية المعاصرة من خلال التأمل العميق في تراثهم الإسلامي، وإيجاد الحلول المناسبة لدينهم وحضارتهم، وقد نجح الاستشراق في جذب الفكر الإسلامي الحديث إلى النظر في المشاكل والشبهات التي يثيرها المستشرقون، ووضع المسلمين في موقف الدفاع، وصرف نظرهم عن التعمق في دينهم، وإجبارهم على متابعة القضايا الكيدية.
ومن الممكن أن نعد بعض الآثار السلبية للفكر الاستشراقي في المجال الديني فيما يلي:
أولًا: إثارة الشكوك في العقيدة، فقد عمل الاستشراق على إثارة الشكوك لدى فريق من العلماء المسلمين في عقيدتهم؛ في القيم الدينية والحضارية المنبثقة عن هذه العقيدة، وكان التأثير الفكري الاستشراقي عظيمًا في عدد من هؤلاء المسلمين الذين تعلموا في الغرب، أو الذين تحقق لهم نوع من الاتصال بالغرب وحضارته ومؤسساته الثقافية، وأصابهم ما أصاب الغرب عامة من هجر للدين واحتقار له، والفصل بينه وبين أمور الدنيا. وقد خضع هؤلاء للقيم الغربية وتأثروا بمعطيات الحياة الغربية، وحاولوا نقل قيم الحضارة الغربية إلى عالمنا الإسلامي على اعتقاد منهم بأفضلية هذه القيم على القيم الإسلامية، نتيجة الانبهار الشديد بحضارة الغرب وتقدمه العلمي.
كما أثيرت الشكوك لدى بعض المسلمين في العديد من الموضوعات الدينية من بينها التهوين من أمر الكتب المقدسة والنظر إلى القرآن الكريم، والحديث النبوي مصادر العقيدة الإسلامية على أنها خاضعة للنقد العلمي، وحض المسلمين على ضرورة التحرر في دراسة هذه الكتب، والمصادر الدينية، وإخضاعها للرؤية النقدية العقلية، وبالتالي التقليل من قداستها، والتخفيف من احترام المسلمين لها؛ بل والحض على هجرها واستبدالها بالقوانين الوضعية والقيم الإسلامية.