عاد سيد قطب من أمريكا في ٢٣ أغسطس ١٩٥٠ ليعمل بمكتب وزير المعارف إلا أنه تم نقله أكثر من مرة حتى قدم استقالته في ١٨ أكتوبر ١٩٥٢، ومنذ عودته تأكدت صلته بالإخوان إلى أن دُعي في أوائل عام ١٩٥٣ ليشارك في تشكيل الهيئة التأسيسية للجماعة تمهيدًا لتوليه قسم الدعوة،.
وخاض مع الإخوان محنتهم التي بدأت منذ عام ١٩٥٤ إلى أن أُعدم في عام ١٩٦٦. وبدأت محنته باعتقاله - بعد حادث المنشية في عام ١٩٥٤ (اتهم الإخوان بمحاولة إغتيال الرئيس المصرى جمال عبد الناصر) - ضمن ألف شخص من الإخوان وحكم عليه بالسجن ١٥ سنة ذاق خلالها ألوانًا من التعذيب والتنكيل الشديدين، ومع ذلك أخرج كتيب "هذا الدين" و"المستقبل لهذا الدين"، كما أكمل تفسيره "في ظلال القرآن".
وأفرج عنه بعفو صحي في مايو ١٩٦٤ وكان من كلماته، وقتذاك: أن إقامة النظام الإسلامي تستدعي جهودًا طويلة في التربية والإعداد وأنها لا تجئ عن طريق إحداث انقلاب.
وأوشكت المحنة على الانتهاء عندما قبض على أخيه محمد قطب يوم ٣٠/٧/١٩٦٥ فبعث سيد قطب برسالة احتجاج إلى المباحث العامة؛ فقبض عليه هو الآخر ٩/٨/١٩٦٥ وقدم مع كثير من الإخوان للمحاكمة، وحكم عليه وعلى ٧ آخرين بالإعدام، ونفذ فيه الحكم في فجر الإثنين ١٣ جمادى الأولى ١٣٨٦ هـ الموافق ٢٩ أغسطس ١٩٦٦.