وُلِد الشيخ محمد بن إبراهيم شقرة في قرية عين كارم من قُرى قضاء القدس، عام ١٩٣٤م وفيها تَلَقَّى تعليمه الابتدائي، ومنذ طفولته المُبَكِّرة ما عُرِفَ عنه ما عُرِف عن أقرانه من تمَتُّعهم باللعب واللهو، بل كان إذا سُئِل: أين محمد؟ قيل: هو في "العِلِّيَّة" يقرأ القرآن.
ثم عانى في صِباه ما كان من هجمة العدو اليهودي، وشارك مع المجاهدين بما تَيَسَّر له من مَقْدِرَةٍ تُوَافِق سِنَّه حينئذ، ثم كانت مِحنَةُ خروجه من أرضه وبلده وهو في سِنِّ الثالثة عشرة مُهاجراً حتى انتهى به وأهله المَطاف في عمَّان البلقاء، فكان لذلك كلِّه أثره في صَقْل نفسه، وقوة شكيمته في الحقِّ وما يعتقده.
وعَمِلَ بيديه لكسب القوت مع والده وأعمامه،يحمل التراب والحجارة بَنَّاءً، نَجَّاراً، وغيرها، مع ما يَكْتَنِفُ ذلك كلِّه من شِدَّةٍ نَفْسِيَّةٍ فَرَضَتْها ظروف الهجرة القَسْرِيَّة، والأوضاع السياسية، وآمال العودة المُبَدَّدَة، وصِغَرِ سنٍّ تَحمَّل معها هَمَّ الرجال، فكان صَقْلاً عظيماً لَنَفْسِيَّةٍ عَظُمَت بِتَحَمُّلها أعباءَ الدعوة فيما بعد.
ثم كانت رغبته المُلِحَّة في الذهاب إلى الأزهر الشريف - قلعة العلم الشرعي يومئذٍ - لإكمال دراسته وتَلَقِّي العلوم الشرعية، وكان ذلك؛ حيث أكمل دراسته المدرسيَّة ضمن الأزهر، ومن ثم بدأ دراسته الجامعية، واندَمَجَ في التيار الإسلامي الأقوى في حينها ألا وهو تيَّار "الإخوان المسلمين" – وكان شديد الوَلَع بقراءة كُتُب ابن تيمية وابن القيِّم، وكان يقتطع من قوته-على قِلَّته-ما يَتَسَنَّى له-به- توفير ما يمكنه به شراء كُتُب شيخ الإسلام وتلميذه وغيرها من الكتب، وذلك لِعَدَم كِفَاية ما كان يرسله له والده، وكذلك عَدَم كِفَاية الجِرَاية التي كان يجُريها الأزهر لبعض الطلبة حينها.
وبعد انتهاء الدراسة في تلك المرحلة التي كانت من أشد مراحل الصراعات الفكرية والحضارية في مصر، وتأثير تلك المرحلة في صَقْل نفسه للدعوة، عاد إلى الأردن، وتزوج من شقيقة رفيق دراسته الشيخ العلامة أحمد محمد السالك الشنقيطي، وهي من بيت علمٍ وأدبٍ ونَسَبٍ لا يحتاج ذلك إلى التدليل عليه بشيء، وقد كان والدها -رحمه الله- من أهل العلم الفُضلاء، الصالحين، ذوي المَكانة والجاه –بعِلْمِه- وأغْدَقَ على الشيخ من واسع علمه وكرمه، ما كان له سَنَداً في القيام بما اسْتَقَرَّ في وُجْدانه من ضرورة السَّعي في الدعوة إلى المنهج الحق.