بعد حصول الشيخ على جابر على الماجستير رشح للقضاء وتم تعيينه قاضياً في منطقة (ميسان) قرب الطائف إلا أنه اعتذر عن تولي هذا المنصب، ويوضح الشيخ علي جابر أسباب اعتذاره عن تولي منصب القضاء بقوله: ورد في حديث نبوي صحيح عن النبي صلى الله عليه وسلم قوله: (القضاة ثلاثة: قاضيان في النار وقاضٍ في الجنة) , والذي يتتبع أخبار القضاة في عصور الإسلام المزدهرة يجد أن اغلبهم كانوا يعينون من قبل ولاتهم بعد أن علم الوالي سعة علمه وكمال فقهه وإحاطة إدراكه بالمسائل الشرعية وأهليته لتولي منصب القضاء, ومع ذلك فإن بعضاً من الأئمة والأعلام رفض تولي هذا المنصب لا لعجزه عن ممارسته وإنما لما يعلمه علم اليقين أن حسابه عند الله عظيم.
ثم صدر أمر ملكي كريم من الملك خالد بن عبد العزيز -يرحمه الله- بإخلاء طرفه من وزارة العدل, وتعيينه محاضرا في كلية التربية بالمدينة المنورة فرع جامعة الملك عبد العزيز بالمدينة المنورة وبالتحديد في قسم اللغة العربية والدراسات الإسلامية, وباشر التدريس بها في العام الجامعي ١٤٠١هـ.
إلا أن طموح الشيخ علي جابر لم يكن قاصرا عند هذا الحد, وقد انتابته في ذلك الحين, أعراض عدة, هل يواصل دراسته? أم يتوظف? هذه الإرادة القوية, وحب العلم وطلبه, جعلت الشيخ يقرر بعد تخرجه من الجامعة, إكمال الدراسات العليا, ويتحدث عن ذلك قائلا:(الإرادة الربّانية شاءت أن أواصل الدراسة الجامعية في مراحلها العليا حتى يتسنى لي الحصول على أكبر قسط من العلم, وحتى يتسنى لي الالتقاء بعدد آخر من العلماء في غير المنطقة التي عشت فيها, وبحمد الله تم لي ذلك, فقد انتقلت إلى الرياض وظفرت بمشايخ أجلاء) .