تولى البيطار سنة ١٩١٠ الخطابة والتدريس في جامع القاعة بحي الميدان خلفاً لوالده، ثم تولى سنة ١٩١٧ الخطابة والتدريس في جامع كريم الدين الشهير بالدقاق خلفاً لخاله، وهذا الجامع هو مسجد المحلة التي تقطن أسرة البيطار فيها، وكانت الإمامة والخطابة فيه في أسلاف البيطار مما يمتد لأكثر من مائة عام، وظل محمد بهجت البيطار يخطب ويدرس الناس مختلف العلوم في مسجد محلته إلى أن التحق بالرفيق الأعلى، ما انقطع عن ذلك إلا لمرض أو سفر.
عُين البيطار سنة ١٩٢١ من قبل مديرية معارف دمشق، معلماً في مدرسة الميدان الابتدائية حتى عام ١٩٢٦، وفي نفس العام اشترك بمؤتمر العالم الإسلامي الذي دُعي إلى عقده في مكة المكرمة، وبعد انتهاء المؤتمر استبقاه الملك عبد العزيز آل سعود في مكة المكرمة ليشرف خلالها على المناصب القضائية والعلمية فيها.
في سنة ١٩٣١ عاد محمد بهجت البيطار إلى دمشق ليؤم أهل حيه كل يوم ويخطبهم كل أسبوع في جامع الدقاق بالإضافة إلى تدريس العلوم الدينية والعربية في المسجد وفي بعض المدارس الخاصة، كما تولى تدريس العلوم الشرعية سنة ١٩٣٤ ولبعض الوقت في كليتي المقاصد الخيرية للبنين والبنات في مدينة بيروت.
وفي عام ١٩٤٤ أوفد إلى الطائف مدة ثلاث سنوات ليتولى إدارة معهد (دار التوحيد السعودية) بناء على رغبة الملك عبد العزيز سعود.
وفي عام ١٩٤٧ عهدت إليه جامعة دمشق القيام بتدريس مادتي التفسير والحديث في كلية الآداب، وفي سنة ١٩٥٣ أُحيل محمد بهجت البيطار على التقاعد من وظيفته الحكومية، فقصر نشاطه على محاضرات في التفسير كلف بإلقائها في كلية الشريعة، وعلى التدريس الديني ووظائف وزارة الأوقاف، إلى جانب إلقاء الأحاديث الدينية والاجتماعية في الإذاعة السورية وعلى أعمال مجمعية عديدة حيث كان قد انتخب عضواً عاملاً في المجمع العلمي العربي بدمشق سنة ١٩٢٣.
كان محمد بهجت البيطار من أكثر أعضاء مجمع دمشق حيوية ونشاطاً، شارك زملاءه في إلقاء المحاضرات العامة والأبحاث المتعمقة، وفي تحرير مجلة المجمع وبالتعريف على صفحاتها بالكتب والمطبوعات التي تدخل موضوعاتها في اهتماماته الشخصية، كما شغل عضوية لجنة المطبوعات في مجمع دمشق منذ ١٩٥٣، واستمر على القيام بمهامها في الإشراف على مجلة المجمع ومطبوعاته حتى قبيل وفاته بأسابيع قليلة.