انطلق "محمد فؤاد عبد الباقي" يخدم السنة النبوية في وقت لم تكن تلقى فيه الاهتمام الذي تستحقه، وأبلى بلاء حسنًا، سواء فيما يتصل بتحقيق أمهاتها أو التأليف فيها، أو تخريج أحاديثها، فقام بشرح وفهرسة صحيح مسلم، وموطأ مالك، وسنن ابن ماجه، وأخرجها على أحسن صورة، دقة وتنظيمًا وتنسيقًا وترقيمًا، بما يتفق مع جلال السنة، وما تستحقه من عناية، وقد رزق الله تحقيقاته القبول والذيوع بين أهل العلم وصناعة الحديثة.
وأما مؤلفاته التي خدمت السنة، فيأتي في مقدمتها:"اللؤلؤ والمرجان فيما اتفق عليه الشيخان"، والمعروف أن أعلى درجات صحة الحديث هو ما اتفق عليه الشيخان البخاري ومسلم، والكتاب ذائع معروف، يجمع ألفين وستة أحاديث مرتبة على أبواب الفقه.
جامع المسانيد
وله "جامع مسانيد صحيح البخاري"، وهو كتاب يجمع أحاديث كل صحابي أخرج له البخاري على حدة، ورتب أسماءهم حسب الحروف الهجائية، وهو بذلك صورة أخرى لصحيح البخاري المرتب على كتب الفقه وأبوابه.
وتقدم بهذا العمل إلى مجمع اللغة العربية لنشره، فشكل المجمع (سنة ١٣٦٢ هـ = ١٩٤٣م) لجنة من أعضائه ضمت أحمد بك إبراهيم والشيخين "إبراهيم حمروش" و "محمد الخضر الحسين" لدراسة الكتاب، فأشادت بالعمل والجهد المبذول فيه، وانتهى الأمر باعتذار المجمع عن نشر الكتاب، محتجًا بأن العمل أدخل في باب السنة منه في باب اللغة، ويشاء الله أن لا يُطبع الكتاب في حياة مؤلفه وظل حبيس الأدراج، حتى نشر بعد وفاته بفترة طويلة سنة (١٤١٢هـ = ١٩٩١م) .