اغتيل إثر مناقشة علنية بين طرفين: أحدهما إسلامي، والآخر علماني.
وكان هو من الطرف العلماني.
وكانت البداية في صراعة مع الشيخ صلاح أبو إسماعيل، عندما كانا في حزب الوفد في عام ١٩٨٤ م، عندما أصرَّ فرج فودة على علمانية - أي لا دينية - الوفد، بينما أصرَّ الشيخ صلاح أبو إسماعيل على إسلامية الوفد .. فخرج فودة من الحزب، وأسس "حزب المستقبل" ووضع غالبيته من الأقباط ..
(١) معجم مؤرخي الجزيرة العربية ١/ ١١١، الفهرست المفيد في تراجم أعلام الخليج ١/ ١٤٠ هـ، شعراء العصر الحديث في جزيرة العرب ١/ ٢٠١. وورد اسم والده في المصدرين الأولين "حسن".