أثار الكتاب المجددون معركة الخلاف بين الدين والعلم، وهي واحدة من المعارك التي ركز عليها دعاة التغريب لبلبلة الأفكار وإثارة جو من الشكوك والشبهات وقد اشترك فيها الدكتور هيكل ومحمود عزمي وطه حسين وساجلهم الشيخ رشيد رضا، واتسع البحث ليشمل عديدا من الصحف غير السياسية وكتابا كثيرين منهم مصطفى عبد الرازق وفريد وجدي، وهاجمت السياسة رشيد رضا ورسمت له لوحة في مقالاتها "في المرآة" واتهمته بأنه كان صنيعة الخديوي والإنجليز وأنه جامل كرومر حين سب الإسلام وقال له: أنت تقصد إسلام اليوم ووجد في وثقائق الشيخ محمد عبده ما يرضي الخديوي فتقرب به إليه, وقال أنه عمل في الجريدة سفيها لا يشق له غبار وأعلن رشيد رضا إنشاء جمعية تجديد الإلحاد والزندقة والإباحة المطلقة ومضت سنوات في الصراع ثم حسم الدكتور هيكل المعركة بأن أعلن أنه لا صلة البتة بين التجديد والإلحاد.
"معركة بين رشيد رضا والمجددين":
بدأت المعركة في يونيه ١٩٢٦ عندما كتب هيكل مقاله عن "الدين والعلم ورجال الدين ورجال العلم" ولكن الدكتور طه حسين أذاع أنه قد دخل المعركة عام ١٩٢٣ ولخص رأيه في أن الدين" حين يثبت وجود الله ونبوة الأنبياء يأخذ الناس بالإيمان بهما يثبت أمرين لم يستطع العلم إلى الآن أن يثبتهما. فالعلم لم يصل بعد إلى إثبات وجود الله ولم يصل بعد إلى إثبات نبوة الأنبياء، وإذا فبين العلم والدين خصومة في هذين الأمرين يثبتهما الدين ولا يعترف بهما العلم.
"السياسة الأسبوعية ١٧ يوليو ١٩٢٦:
وقالت الأهرام "٢٦/ ١٢/ ١٩٢٦" إن فريق المنتصرين للعلم على الدين يؤيدون نظريتهم بالتلميح لا بالتصريح، وأن المقصود بالدين العاطفة الدينية التي ترفع المخلوق إلى الخالق أيا كانت تفاصيل العقائد.