كان المنهج المتبع في بداية تأليف المنار، هو منهج الإمام محمد عبده، حيث كان يمتاز بالخصائص التالية:(١)
١ - نظرته للسورة القرآنية على أنها وحده كاملة.
٢ - يسر العبارة وسهولة الأسلوب.
٣ - عدم تجاوز النص في مبهمات القرآن.
٤ - محاربته الإسرائيليات والخرافات.
٥ - حرصه على بيان هداية القرآن الكريم.
٦ - دحضه للشبهات التي تثار حول القرآن والإسلام.
٧ - نبذ التقليد والجمود.
٨ - بيانه لحكمة التشريع.
ولكن بعد وفاة الإمام، لم يلزم رشيد رضا نفسه بنهج الإمام وطريقته، بل كان له نهج آخر عبر عنه بقوله «وإني لما استقللت بالعمل بعد وفاته
(١) انظر كتاب «المفسرون مدارسهم ومناهجهم» للدكتور فضل حسن عباس وكتاب «التفسير والمفسرون» للذهبي وكتاب «الإمام محمد عبده ومنهجه في التفسير» عبد الغفار عبد الرحيم.