أما خطوات هذا المنهج ومراحله، فقد رسمتها الآيات القرآنية على النحو التالي:
١ - أزاح القرآن الكريم عن كاهل العقل الإنساني كل ما يعوقه عن الملاحظة والتفكر، سواء أكان ذلك:
(أ) من موروثات البيئة (أي الماضي). قال الله تعالى: قُلِ انْظُرُوا ماذا فِي السَّماواتِ وَالْأَرْضِ وَما تُغْنِي الْآياتُ وَالنُّذُرُ عَنْ قَوْمٍ لا يُؤْمِنُونَ (١٠١)[سورة يونس، الآية ١٠١].
٢ - أوضح القرآن الكريم بجلاء، وفي آيات كثيرة، أن الكون خاضع لسنن كونية ثابتة. وأنه يتصف بالحركة، والانتظام، والكمية، والتقدير والتصنيف. فوق ما جاء فيه من وصف شامل للطبيعة لم يقتصر على السماء دون الأرض، ولا على الجماد دون النبات، ولا على الإنسان دون الحيوان ... إلخ.
وقد جاء التعبير عن هذه السنن الكونية، وعن ثباتها وديمومتها، على النحو التالي، المثير للتأمل، والآخذ بيد العقل الإنساني نحو تفهم خطواتها ومراحل تكوينها وعملها! قال تعالى: أَلَمْ تَرَ أَنَّ اللَّهَ يُزْجِي سَحاباً ثُمَّ يُؤَلِّفُ بَيْنَهُ ثُمَّ يَجْعَلُهُ رُكاماً فَتَرَى الْوَدْقَ يَخْرُجُ مِنْ خِلالِهِ [سورة النور، الآية ٤٣].