ولكن القيادات السوفيتية، بعد هذه الفترة القصيرة من الهجرة، غيَّرت موقفها، وبدأ الفتور يسيطر على الحديث الرسمي عن بيروبيجان، وبرزت اتهامات بعلاقات تجسُّس مع الخارج. وفي عام ١٩٤٨، توقف نشر الأخبار عن بيروبيجان. وإذا كانت حركة التطهير الأولى استهدفت بعض الأفراد، فإن الحملة الجديدة استهدفت المشروع ذاته (ويبدو أن ستالين اتهم زعماء الجماعة في بيروبيجان بالتآمر لفصل الإقليم عن الاتحاد السوفيتي وتسليمه لليابان) . وكانت النتيجة أن الهجرة اليهودية إلى الإقليم أخذت في التقلص تدريجياً إلى أن وصل عدد اليهود فيه سنة ١٩٦٨ إلى نحو خمسة وعشرين ألف نسمة. وقد بلغ عدد السكان اليهود في عام ١٩٨٩ نحو ٨.٨٨٧ مقابل ٢١٥ ألف روسي وكوري وصيني وغيرهم، أي ٤% من عدد السكان، يقطن معظمهم في العاصمة التي يبلغ عدد سكانها ثلاثة وثمانين ألفاً. وعدد المتحدثين باليديشية آخذ في التناقص، ووصلت نسبة الزواج المختلط بين اليهود ٨٠%، وهي بذلك قد تكون أعلى نسبة في العالم. وغالبية اليهود في بيروبيجان ملحدون، كما أن الحاخام الذي يشرف على إقامة الشعائر يؤمن بالمسيح ويستخدم الإنجيل في الصلوات. ومع هذا، لا تزال هناك محاولة لأن تحتفظ بيروبيجان بطابعها اليهودي اليديشي إذ تَصدُر الطوابع باليديشية والروسية ولا تزال أسماء الشوارع تُكتَب باللغتين. وقد تم الاحتفال بعيدها الخمسيني عام ١٩٨٤. وبعد تفكك الاتحاد السوفيتي وظهور الكومنولث الروسي، بدأت الحكومة الروسية في تحويل بيروبيجان إلى منطقة اقتصادية حرة. ويفكر بعض أثرياء إسرائيل في الذهاب إلى بيروبيجان للاستثمار فيها. ويبدو أن زراعة المخدرات قد انتشرت فيها مؤخراً.