والأقسام الأساسية للاتحاد، والتي تم تنظيمها بالاشتراك مع المؤتمر المركزي للحاخامات الأمريكيين، هي: قسم التربية، وقسم الوسائل السمعية والبصرية، وقسم إدارة المعابد اليهودية، وقسم الأبرشيات الجديدة، وقسم الإعلان، وقسم خدمات المعابد، وقسم العلاقات مع الأديان الأخرى. وقد قسم الاتحاد إلى ١٦ منطقة لكل منها مدير ومجلس إقليمي. ويدير الاتحاد المجلس التمثيلي الذي ينعقد على شكل مؤتمر كل سنتين، وهناك مجلس قومي للأوصياء. والاتحاد جزء من الاتحاد العالمي لليهودية التقدمية، ويُصدر الاتحاد منشورات من بينها مجلة اليهودية الأمريكية ومجلة المعلم اليهودي.