وكما وقع الخلاف في إلهامية بعض الأسفار وقع الخلاف في ترتيب هذه الأسفار في العهد الجديد، وهذا الخلاف مهم، إذ كلٌ رتب الأسفار حسب ما يعتقد لها من قيمة وقداسة وأهمية، فالخلاف في الترتيب خلاف في قيمة الأسفار.
وأقدم قائمة رتبت الأسفار كانت في أواسط القرن الرابع قائمة أثناسيوس ٣٦٧م، وكان ترتيبه كالتالي: الأناجيل ثم أعمال الرسل ثم الرسائل الكاثوليكية ثم رسائل بولس ثم سفر الرؤيا.
ثم أصدر مجمع روما ٣٨٢م ترتيباً آخر، تلا الأناجيل فيه رسائل بولس ثم رؤيا يوحنا ثم الرسائل الكاثوليكية السبعة.
وأما الترتيب الحالي فكان من قرارات مجمع ترنت ١٥٤٦م. (١)
وهكذا تبين لنا من خلال استعراض مسيرة الأناجيل تأليفاً وتقديساً، أن تقديس هذه الكتب عمل بشري لا يستند إلى دليل من هذه الكتب، بل هو قرار اختلفت فيه المجامع حتى أُقر، ولو كان من الوحي لما اختلفت فيه المجامع، ولما احتاج إلى قرار كنسي ليصبح مقدساً ووحياً إلهياً.
(١) انظر: محاضرات في مقارنة الأديان، إبراهيم خليل أحمد، ص (١٧).