- وأهم مسألة شغلت الباحثين بخصوص هذا الإنجيل خاتمته، فإن خاتمة هذا الإنجيل (١٦/ ٩ - ٢٠) غير موجودة في المخطوطات القديمة المهمة كمخطوطة الفاتيكان والمخطوطة السينائية.
ويقول وليم باركلي: إن النهاية المشهورة - علاوة على عدم وجودها في النسخ الأصلية القديمة - فإن أسلوبها اللغوي يختلف عن بقية الإنجيل.
ونقل رحمة الله الهندي عن القديس جيروم في القرن الخامس أنه ذكر بأن الآباء الأوائل كانوا يشكون في هذه الخاتمة.
وقد اعتبرتها النسخة الإنجليزية القياسية المراجعة ( R S V) فقرات غير موثوق فيها، فحذفتها من طبعتها الصادرة عام ١٩٥١م.
أما مقدمة الإنجيل في نسخة الرهبانية اليسوعية فتقول:"من المسلم به على العموم أن الخاتمة كما هي الآن (١٦/ ٩ - ٢٠) قد أضيفت لتخفيف ما في نهاية الكتاب من توقف فجائي في الآية ٨".
وعن الخاتمة الموجودة يقول الأب كسينجر:" لابد أنه قد حدث حذف للآيات الأخيرة عند الاستقبال الرسمي (النشر للعامة) لكتاب مرقس في الجماعة التي ضمنته.
وبعد أن جرت بين الأيدي الكتابات المتشابهة لمتى ولوقا ويوحنا، تم توليف خاتمة محترمة لمرقس بالعناصر من هنا ومن هناك لدى المبشرين الآخرين .. وذلك يسمح بتكوين فكرة عن الحرية التي كانوا يعالجون بها الأناجيل ".