وافت العلامةَ ابنَ كمالٍ المنيةُ يومَ الخميسِ الثَّانِي من شهرِ شوالَ سنةَ (٩٤٠ هـ)، بعدَ طلوعِ الشَّمسِ، في مدينةِ إسطنبولَ، وصُلِّي عليه بعدَ الظُّهرِ من ذلك اليومِ، في جامعِ السُّلطانِ محمَّد خان عليه الرَّحمةُ والرِّضوانُ.
وقد قيل في تاريخِ وفاتِه حسبَ حِسابِ الجُمَّل:
حَلَّ عليه رحمةُ الحقِّ.
وقيل: ماتَ النِّحريرُ.
وقيل: ارتحلَ العُلومُ بالكمالِ.
وكُتبَ على قبرِه: هذا مقامُ أحمدَ.
وعلى أكفانِه: هي آخرُ اللِّباسِ.
وكلُّها يتضمَّنُ تاريخَ وفاتِه.
وكان يقول رحمَه اللهُ تعالى وهو يُحتضرُ: يا أحدُ نَجِّنا ممَّا نخافُ، فحُسِبَت بعدَ موتِه، فكانت تاريخاً لوفاتِه أيضاً.
وحكى بعضُ المُترجمينَ له أنَّه لمَّا بلغَ خبرُ وفاتِه الدِّيارَ الشَّاميَّةَ، صلَّوا عليهِ غائبةً بجامعِ دمشقَ، وذلك ثانِي ذي القَعدةِ سنةَ (٩٤٠ هـ)، وكذلك بالمسجدِ الحرامِ، رحمه الله تعالى وغفر له.