وكان التصور السائد أن الملاكين هما رمز لاسمي الإله يهوه وإلوهيم، وأن روح الإله (الشخيناه) تحل في هذا التابوت. وكان يفصل قدس الأقداس عن بقية الهيكل ستارة وسلسلة من الذهب أو باب. ولم يكن يدخله سوى كبير الكهنة في يوم الغفران ليتفوَّه باسم الإله (يهوه) الذي لا يستطيع أحد أن يتفوه به في أي مكان أو زمان (ولعل التأثير المصري واضح في هذه العادة) . وجاء في الأجاداه أن فلسطين توجد في مركز الدنيا والقدس في وسط فلسطين، والهيكل في وسط القدس، ويقع قدس الأقداس في وسط الهيكل، أي أن قدس الأقداس يقع في وسط الدنيا تماماً ويُوجَد أمامه حجر الأساس. ويزعم بعض الحاخامات أن حجر الأساس هو الصخرة الشريفة الموجودة في مسجد الصخرة. ويُعتبَر قدس الأقداس، في التأملات الكونية التي تخص الهيكل، السماء السابعة.
ولما كان قدس الأقداس أكثر الأماكن قداسة لدى اليهود ولا يحق لهم أن تطأه أقدامهم، لذا فإنه يَحرُم عليهم أن يذهبوا إلى جبل موريا (جبل بيت المقدس) أو هضبة الحرم التي يُوجَد فيها المسجد الأقصى، وذلك حتى لا يدوسوا على الموضع القديم لقدس الأقداس عن طريق الخطأ. ويزعم شلومو جورين أن أبحاثه قد حدَّدت (على وجه الدقة) مكان قدس الأقداس، ومن ثم يحق لليهود دخول منطقة المسجد الأقصى.