يجد الدارس لكتاب "هداية الحيارى" أن المؤلف سلك منهجًا وصفيًا استقرائيًا نقديًا مقارنًا. فهو منهج وصفي يستند إلى التحليل باستقراء الجزئيات وتصنيفها وترتيبها، مع التوثق والتأكُّد من صحة نسبة الأقوال ومناقشتها، وما يكتنفها من شروح وتفسيرات.
وهو أيضًا منهج استنباطي يستخدم القواعد الأصولية واللغوية، وينطلق من الجزئيات إلى الحقائق العامة. وهو كذلك منهج مقارن يقابل الآراء والأقوال ببعضها ويوازن بينها، ولا يهمل المنهج التاريخي في كثير من المواضع، وبذلك كان المنهج والطريقة التي سلكها المصنف منهجًا متكاملًا وطريقة في البحث شاملة.
وامتاز أسلوب الكتاب بالوضوح في العبارة، والبعد عن الجفاف والتعقيد الذي يصادفه القارئ في مثل هذه المباحث الجدلية والردود، كما امتاز بقوة الحجة والدليل، وتنوع وسائل الاستنباط، وذلك ما جعله يسدُّ منافذ الهرب من إقامة الحجة والدليل على مَنْ أثار الشبهات وأورد المسائل والطعون التي كانت سببًا لتأليف هذا الكتاب.
ونجد في الكتاب أيضًا استطرادات تدعو إليها أحيانًا المناسبة، وفي هذا فائدة للقارئ، وإن كانت أحيانًا تقطع سلسلة الأفكار المتتابعة، وتفصل بين فقرات الموضوع الواحد المتكامل.
[نسبة الكتاب لمؤلفه وتسميته]
إن نسبة الكتاب لابن القيم ثابتة من طرق، فقد جاءت النسخ الخطية كلها مصرِّحة بذلك، كما أن المصنف ﵀ صرَّح باسم كتابه هذا