لقد أبدى العلماء تحفظات شديدة على نظرية الأنساب العربية، وشكوا في صحتها، إذ ليس هناك من الأدلة العلمية الحاسمة ما يثبت صحة التقسيم الذي جاءت به، أو ما يدعو إلى الجزم ببطلانها. والانتقادات التي وجهوها إليها كثيرة؛ إذ عثروا على أدلة تناقض ما جاء في التقسيم، منها على سبيل المثال:
إن النسابين العرب قد بينوا أن سبأ هو حفيد قحطان جد عرب الجنوب، بينما يورد العلماء أدلة تشير إلى أن السبئيين كانوا في أول أمرهم يقطنون في شمالي شبه جزيرة العرب، ثم هاجروا إلى جنوبها، واستقروا في أرض اليمن حيث أقاموا حضارتهم المعروفة في التاريخ، خلافًا لحركة الهجرة التي كانت تدفع القبائل العربية الجنوبية نحو الشمال، بحيث شُوهد العديد منها منتشرًا في جهات الحجاز ونجد والبحرين عند ظهور الإسلام.
أما الانتقاد الشديد فهو الذي تناول مسألة قسمة العرب إلى جدين كبيرين: