اعتمدت في تحقيق كتاب (درج الدّرر في تفسير القرآن العظيم) على أربع نسخ مخطوطة منه، وكلّها نسخ كاملة للكتاب باستثناء واحدة فيها نقص يسير، وهذه النسخ هي كلّ ما دكر من نسخ الكتاب في مكتبات المخطوطات، وفي ما يأتي وصف كلّ واحدة من هذه النسخ المخطوطة:
النسخة الأولى:
وهي نسخة مكتبة كوبريلي الأولى بإستانبول في تركيا
، وهي برقم (٩٥)، ومنها صورة محفوظة بالمايكروفلم في مكتبة الجامعة الأردنية بعمّان برقم (١١٦٩)، وتقع في (٣٢٨) ثلاث مئة وثمان وعشرين ورقة، ويقع الجزء الذي حقّقته من الكتاب في (١٥٨) مئة وثمان وخمسين ورقة، وكل ورقة في صفحتين، وفي كل صفحة (٢٣) ثلاثة وعشرون سطرا، وفي كل سطر نحو (١٥) خمس عشرة كلمة.
وهي نسخة كاملة، باستثناء نقص يسير في نهاية سورة آل عمران وبداية سورة النساء، بحدود خمسين آية من السّورتين، وخطّها واضح جدّا، ومشكول، وفي بعض هوامشها تعليقات.
وهي نسخة مقابلة ومصحّحة بدليل ما فيها من عبارات نحو: بلغ، وصح. وإذا استثنينا النّقص اليسير المشار إليه آنفا فهذه النّسخة أقلّ النّسخ سقطا، بمعنى أنّها أتّمها عبارة، وهذا ما جعلني أتّخذها أصلا قابلت عليه باقي النّسخ.
ولم يذكر تاريخ نسخها، ولا اسم ناسخها، وفي المعلومات المدوّنة عنها في مكتبة الجامعة الأردنية نقلا عن فهرس مخطوطات كوبريلي أنّ هذه النّسخة كتبت في القرن الثامن الهجري، وعلى هذا فهي أقدم النّسخ.
وعلى كثير من صفحات هذه النّسخة ختم كتب عليه «إنّما لكل امرئ ما نوى»، وآخر كتب عليه «هذا ما وقف الوزير أبو العباس أحمد بن الوزير أبي عبد الله محمد عرف بكوبريلي أقال الله عثارهما». وعلى هذه النسخة أيضا اسم مالكها الذي كتب على النحو الآتي:«محمد بن محمد بري عامله الله بلطفه وجوده ومنه»، وهو شخص مجهول لم أقف على ترجمة له.