وقع المحقق في مشكلة أخرى تتعلق بتغيير بعض نصوص الكتاب وذلك بزيادة حرف من عنده، أو تغيير حرف عما ورد في المخطوط، أو ضبطه النص خطأ، أو تركه النص مبهماً دون إيضاح له، ويتضح هذا من خلال ما يلي:
[١ - النص في باب الهمز وضروبه ص ١٢٠]
( … إلا مواضع في كتاب الله ﴿أَنْ يُؤْتَى﴾ [آل عمران: ٧٣] … )
أدخل اسم السورة بين معقوفتين، وليس له ذلك، لأنه من كلام ابن الفحام، فكان عليه أن يضع رقم الآية فقط بين معقوفتين حتى لا يوهم القارئ أنه هو الذي خرج السورة.
[٢ - النص في مذهب ورش في الهمز المتحرك [ص ١٢٨]]
(وأبدل من المكسورة ياء، نحو: ﴿لِئَلاَّ﴾ [البقرة: ١٥٠])
في العبارة خلل واضح غير مفهوم لأنه اقتصر في تحقيقها على نسخة دار الكتب، ولم يطلع على نسخة تيمور التي تقول (وأبدل مع الكسرة ياء)[ص: ٢٦] وفى هامش دمياط تعليق جميل يوضح المعنى دون لبس وهو (قوله: (وأبدل من الكسرة ياء) عبارة مخلة، وكان ينبغي أن تقول (وأبدل من الهمزة إذا انكسر ما قبلها ياء)[ص ١٨/ أ].
وهذا التعليق أوضح النص إيضاحاً كافياً، فكان على المحقق فهم النص ومعرفة خباياه لكنه تركه على حاله دون توضيح.