كل من ترجم للخرقي رحمه الله ذكر أنه كانت لأبي القاسم مصنفات كثيرة وتخريجات بديعة على المذهب - منهم القاضي أبو الحسين في "طبقات الحنابلة: ٢/ ٧٥"، وابن الجوزي في "المنتظم: ٦/ ٣٤٦"، والبغدادي في "تاريخه: ١١/ ٢٣٤ "، وابن خلكان في "وفياته: ٣/ ٤٤١"، وابن كثير في "البداية والنهاية: ١١/ ٢١٤" وغيرهم إلا أننا عندما نبحث في موجودات تراثنا الضخم المخطوط منه والمطبوع لا نكاد نعثر على غير كتابه المشهور والمسمى "بمختصر الخرقي" في الفروع على مذهب الإمام أحمد بن حنبل رحمه الله مما يجعلنا نعتقد أن مؤلفاته صارت إلى ما صار إليه الكثير من مدونات التراث الإسلامي الكبير من الضياع والبلى خلال المحن والفتن التي جرت على هذه الأمة الويل عبر القرون السالفة.
وفي سبب ضياع الثروة العلمية للخرقي، قال غير واحد:(١) "إنه لما ظهر في مدينة السلام - بغداد - فتنة سب صحابة رسول الله - صلى الله عليه وسلم -، والكلام في حقهم بما لا يرضي الله ورسوله، واتهامهم بما هم بريئون منه - وما هي إلا السفالة والدناءة الطائفية التي اختلقها شيعة بغداد آنذاك - خرج الشيخ أبو