بعد رحلة حافلة بالعطاء العلمي -تأليفاً وتدريساً ووعظاً وتذكيراً وعبادةً- وافاه الأجل بدمشق في شهر رمضان سنة (٧٩٥ هـ)، ودفن بمقبرة الباب الصغير.
ومن عجيب ما وقع له قبل وفاته ما ذكره ابن ناصر الدين الدمشقي بقوله:«حدَّثني من حَفَرَ لحد ابنِ رجب أنَّ الشيخَ زين الدِّين ابنِ رجب جاءَه قبل أن يموت بأيامٍ فقال له: احفِر لي ها هنا لَحْداً، وأشار إلى البقعة التي دُفِنَ فيها، قال: فحفرتُ له، فلمَّا فَرَغَ نزل في القبرِ واضطَجَع فيه فأعجبَه، قال: هذا جيِّدٌ، ثم خرج، وقال: فو اللَّه ما شعرتُ بعد أيامٍ إلا وقد أُتِيَ به ميِّتاً محمولاً في نعشِه، فوضعتُه في ذلك اللَّحد».
فرحم اللَّه ابن رجب رحمة واسعة، وجمعنا به في جنات النعيم.