إن الذي دفعنا إلى إعادة تحقيق الكتاب أن الذي تم إخراجه من هذا الكتاب هو كتاب الطهارة فقط، وهو يمثل كتابًا واحدًا من سبعةٍ وثلاثين كتابًا هي جُملة الكُتُب التي حواها كتاب الخلافيات، بعدد أحاديث أقلَّ من سُدُس أحاديث الكتاب، وقد طُبع في دار الصميعي بالرياض بتحقيق فضيلة الشيخ/ مشهور بن حسن آل سلمان. وصدر في ثلاثة أجزاء من عام ١٤١٤ هـ/ ١٩٩٤ م إلى ١٤١٧ هـ/ ١٩٩٧ م، ووصْفُ هذه الطبعة كالتالي:
أولًا: لم يعتمد الشيخ مشهور فعليًّا في القطعة التي نشرها إلا على نسخةٍ خطيّةٍ واحدة من مكتبة سليم أغا، حقق منها الشيخ ١٠٠ لوحة فقط من أصل ٣٦٠ لوحة، ويحتوي الجزء المحقَّق على كتاب الطهارة فقط، ورغم ما بَذَلَ في طبعته من مجهود إلا أنها - كأيِّ جهدٍ بشريٍّ - اعتراها شيءٌ من النقص، وكنتُ قد نشرتُ مقالًا على ملتقى أهل الحديث سنة ٢٠١١ م بيّنتُ فيه المآخذَ العلميّةَ على الطبعة، غير أن هذا لا يجعلنا نغفلُ ما بَذَل في خدمة الجزء المطبوع من الكتاب - حفظه الله - من جهْدٍ في التحقيق والتعليق.
أما نحن فقد اجتمع لدينا خمس نسخٍ خطية لكتاب الخلافيات بمجموع ٨١٠ لوحات بدون المكرر، وبالمكرر ١٦٣٧ لوحة.
ثانيا: المخطوطة التي اعتمدها الشيخ يعيبها عدة أمور: