حتى يسهل الرجوع إلى الكتاب وحتى نكشف عن خباياه، كان لابد من تنظيم عدة كشافات متنوعة. فكان الأول منها كشاف الموضوعات، وهو عبارة عن معجم للمصطلحات التي وردت في كتاب "المنهاج" وقد حرصت أن أدون رؤوس الموضوعات الرئيسية مع الإشارة إلى الصفحة التي بدأ الحليمي يناقش فيها هذا المصطلح. وهذا يعني أن رقم الصفحة لا يدل على أن الموضوع ورد فيها فقط وإنما يدل على بداية نقاش هذا الموضوع.
أما الكشاف الثاني فكان كشافًا لأسماء الأشخاص الذين وردت أسماؤهم في الكتاب، آخذًا بعين الاعتبار عدم ذكر الأسماء التي ذكرت في رواية الأحاديث الشريفة، ويشير رقم الصفحة إزاء الاسم، إلى أن ذاك الشخص قد قال قولًا ما في تلك الصفحة.
والكشاف الثالث خصص لذكر أسماء الله تعالى حتى يسهل الرجوع إلى معانيها، وإن رقم الصفحة يشير إلى الصفحة التي ورد فيها اسم الله تعالى.
والكشاف الرابع هو كشاف لآيات القرآن الكريم وهو حصر شامل لجميع الآيات التي وردت في كتاب المنهاج، وقد ذكرت الكلمات الثلاث الأولى من كل آية، ورتبت هجائيًا حسب أوائل الحروف من الكلمة الأولى من الآية الواحدة.
والكشاف الأخير كان للأحاديث النبوية الشريفة، وهو يشير إلى مكان وجود كل حديث، وإن رقم الصفحة يدل على مكان وروده. وقد رتب كسابقه ترتيبًا هجائيًا حسب حروف الكلمة الأولى من الحديث.