- كشف التلبيس، وهذا والذي قبله كانا من أسباب محنته.
- رسالة الموعظة والنصيحة.
- الموعظة الحسنة لأهل الصدق.
- رسالة طلب العلم.
- كتاب فضل قيام رمضان (والاعتكاف).
- رسالة إلى أهل سجلماسة في تلاوة القرآن.
- رسالة في أصول التوحيد.
- رسالة فيمن تأخذه على تلاوة القرآن والذكر حركة.
- النكاح بغير بينة.
- الدعاء.
- مدح رسول الله.
- قصيدة في البعث.
- حكايات عن سعيد الحداد.
- تهذيب العتبية.
- الرد على أبي ميسرة المارق.
- كتاب الجامع في السنن والآداب والمغازي والتاريخ.
- أحكام المعلمين والمتعلمين.
- إثبات كرامات الأولياء.
وقد بين سزكين في كتابه (تأريخ التراث العربي) أن الموجود من كتبه ثمانية هي الرسالة، وكتاب الجامع في السنن والآداب والمغازي والتاريخ، وكتاب مختصر المدونة، وتهذيب العتبية، والرد على ابن ميسرة المارق (وقد ترجم إلى الفرنسية)، وشعر في مدح النبي ﷺ، والذب عن مذهب مالك، ولا أذكر الثامن الآن.
ولمكانة ابن أبي زيد وشهرته وكثرة تآليفه فقد نسب إليه بعض الناس كتبا، كما