وأما الكوفة فقد أقرَّ علي عليها واليها أبا موسى الأشعري عندما علم بميل أهلها إليه، حيث أخذ له البيعة من أهلها (١)، وقد اتخذ أبو موسى موقفاً محايداً من الصراع في موقعتي الجمل وصفين، ونصح أهل الكوفة بعدم المشاركة في الفتن الداخلية. وقد عُزل أبو موسى عن الكوفة حين قدم علي إليها بعد موقعة الجمل فصارت مركزاً للخلافة.
وأما إقليم فارس- وهو يتبع البصرة إدارياً- فكان واليه سهل بن حنيف الأنصاري الذي واجه حركة عصيان في الإقليم، فأرسل والي البصرة عبد الله بن عباس والياً جديداً عليه هو زياد بن أبي سفيان الذي تمكن من ضبط الإقليم. وكان يعين ولاة على المدن المهمة في الإقليم مثل إصطخر وأصبهان.
وأما خراسان فكانت تتبع إداريا ولاية البصرة، وقد تولاها في خلافة علي عبد الرحمن بن أبذى وجعدة بن هبيرة بن أبي وهب، وقد واجه جعدة تمرد أهلها وقضى عليه.
وكانت سجستان المجاورة لخراسان تتبع إداريا البصرة أيضا فكان والي البصرة يعين عليها الولاة.
وكانت أذربيجان ولاية يتولاها الأشعث بن قيس لعثمان ولعلي، وهو الذي مصر أردبيل وبنى مسجدها ونشر الإسلام فيها.
أما الأهواز فكان عليها الخُريت بن راشد والياً لعلي، لكنه انشق عليه في أعقاب صفين وأعلن خلعه، فأرسل إليه علي جيشاً فقضى عليه.
وتولى الأهواز مصقلة بن هبيرة الشيباني لكنه التحق بمعاوية.