أما الشيعة الإمامية فإنهم كما سبق قد افترقوا على الإسماعيلية، بزعمهم أن الإمام جعفر الصادق هو موسى الكاظم، وفي الحقيقة أن هذا الإفتراق كان مبنياً على افتراق في المعتقد أساساً، مثلما افترقت الزيدية قبل ذلك عن الشيعة، وقد كان للشيعة الاثني عشرية بعض شأن في هذه الفترة من الزمان، ومما كان منهم أنهم خرجوا في البصرة على المأمون مع زيد بن موسى الكاظم، وكان أخوه علي الرضا وهو ثامن الأئمة الإثني عشر عند الإمامية، قد نال منزلة عند المأمون، فجعله ولي عهده وزوجه ابنته وضرب اسمه على الدنانير والدراهم، وغيّر من أجله زي بني العباس من الأسود إلى الأخضر، وبقي علي الرضا على ذلك حتى توفي بطوس سنة ٢٠٣هـ.
وفي هذه الفترة عاش ستة من الأئمة الإثنا عشر عند الشيعة الإمامية الرافضة وهم بالترتيب: