أتاه أجله "بمغيلة" قرب مدينة "فاس" في ربيع الأول سنة ٥٤٣ هـ, ودفن في "فاس" خارج باب المحروق، على مسيرة يوم من "فاس" غربًا منها.
وصلى عليه صاحبه أبو الحكم بن حجاج، وفدن يوم الأحد ٧ ربيع الأول سنة ٤٥٣ هـ.
وبموته انطفأت شعلة من الذكاء متقدة، وأفل نجم طلعة متوثبة، وسكنت روح ذات طموح غالب، وخمد ذهن نافذ كان ينير للناس ظلمات حالكة، ويذهب بإشكالات معضلة.
وفاضت نفس تواقة إلى تحقيق العدل، وإشاعة مبادئ الأخلاق والدين في الواقع الاجتماعي، وإلى بث الروح العلمية النافذة الفاحصة، وإلى تكوين جيل جديد على أسس تربوية جديدة.
أقبل صاحب هذه الروح من المشرق ليغرسها في المغرب، وكفاه أنه ما فارق الوجود حتى بذل جهده، وحقق بعض الذي كان يتوق إليه١٠.
رحمه الله رحمة واسعة.
١٠ د. عمار طالبي: آراء أبو بكر بن العربي الكلامية: ٨٨/١.