أما النسخة الثانية فهي نسخة جيدة أيضًا، إلا أنها رغم أنها كاملة، لا تبلغ جودة النسخة الأولى، وهي واقعة تحت رقم ٦٢١ عقائد تيمور, بدار الكتب المصرية أيضًا، والورقة الأولى منها مزخرفة، وكتب في آخر ظهرها: ٩٧ في ثاني الملل والنِّحَل لابن حزم كروية الأرض، وقوله تعالى:{وَالشَّمْسُ تَجْرِيْ لِمُسْتَقَرٍّ لَهَا} ، وفي قصة ذا القرنين، {وَجَدَهَا تَغْرُبُ فِي عَيْنٍ حَمِئَةٍ}"س٢" وكتب على وجه الورقة الثانية: الحمد لله، اعلم أن كلام جميع الحكماء، والفلاسفة وعلومهم مستفادة من الشرائع والملل السابقة، وأن كفرهم وضلالهم والعياذ بالله، بسبب ارتباط العوائد الجارية، في العالم، وخفاء تعلق القدرة بالموجودات وذلك مثل إنكار النصارى، وجود الكيمياء لغموض علمها، وخفاء سرها، وأيضًا فلخفاء سر القدر، والحكمة الإلهية عند الخلق، نعوذ بالله من الضلال، والخذلان، والاستهواء في خارف "كذا" الدنيا والميل إلى الراحة، من مشقة التكليف، الطارئة مشقتها على الطبع البشري، لأنه وحده، بمجرده لا يتوصل به إلى شيء إلا بما تقتضي التجربة، والتكرار المقتضيان لآلاف عديدة وافرة من السنين، تأمله منصفًا وفوق كل من ذوي العلم، العليم هـ. وفي ظهر الورقة الثانية كتب عنوان: فهرست الكتاب، وتحته كتب فهرست تفصيلي لمسائل الكتاب متفق مع ما ورد فيه من موضوعات، وكتب ذلك على شكل جدول ذي أربع مربعات، كل مربع، يوضع فيه رقم الورقة وعنوان المسألة التي وردت في تلك الورقة, وفيما بعدها, هذه المربعات الأربع على عرض الورقة، أما على طولها فهي ثمانية مربعات, ويكون ذلك مستطيلًا ذا اثنين وثلاثين مربعًا صغيرًا، وكتب هذا الفهرست ابتداء من ظهر الورقة الثانية إلى حوالي ثلثي وجه الورقة الخامسة, وبقى ظهر الورقة المذكورة بياضًا مع وجود رسم ذلك الجدول.
وكتب على وجه الورقة الأولى التي تعتبر أول نص الكتاب حسب ترقيم الناسخ الذي اعتبر أوراق الفهرست زوائد، وكتب على الجانب الأيسر من أعلى: عقائد تيمور "ك١" أي رقم الكتاب ورقم الكراس الأول منه.