١- العلوم الدينية، وهي تشمل "علم التوحيد، والتفسير، والحديث، والفقه، والفرائض، وما يتعلق بها كمصطلح الحديث، وأصول الفقه، والحساب للفرائض".
٢- العلوم الأدبية والعربية، وهي تشمل "اللغة، والنحو، والصرف، والعروض، والأخبار والنصوص الأدبية".
٣- العلوم الرياضية، وهي تشمل "الحساب، والجبر، والهندسة، والمساحة".
٤- العلوم العقلية، وهي تشمل "المنطق، والفلسفة، ونحوهما".
٥- العلوم الطبيعية، وهي تشمل "الطب، والصيدلة، وعلم الحيوان".
وقد استمر التدريس بالمدرسة "المستنصرية" أربعة قرون، منذ افتتاحها سنة "٦٣١هـ" حتى سنة "١٠٣٠هـ" وهي السنة التي قتل فيها "غانم البغدادي" آخر مدرس من مدرسيها.