المسجد من الأبواب من عمل أبي جعفر أمير المؤمنين من أسفل المسجد: باب بني جمح، وهو طاقان، ومن تحته يخرج سيل المسجد الحرام كله، وبين يديه بلاط من حجارة يمر عليه سيل المسجد، وفي دار زبيدة بابان كانا يخرجان إلى زقاق كان بين المسجد والدار التي صارت لزبيدة، وكان ذلك الزقاق طريقا مسلوكا ما سدّ إلا حديثا، والبابان مبوّبان ومن عمل أبي جعفر إلى باب بني سهم، وهو طاق واحد، وباب دار عمرو بن العاص، وبابان في دار العجلة طاق طاق، كانا يخرجان إلى زقاق كان بين دار العجلة وبين جدار المسجد، كان طريقا مسلوكا فيما ذكر المكيّون يمر فيه سيل السويقة، وسيل ما أقبل من جبل شيبة بن عثمان، فلم تزل تلك الطريق على ذلك حتى سدها يقطين بن موسى حين بنى دار العجلة للمهدي، قدّم الدار إلى جدر المسجد، وأبطل الطريق، وجعل تحت الدار سربا مسقّفا يمر تحته السيل، وذلك السرب على حاله قائم إلى اليوم، وعلى باب هذا السرب سقاء يكون فيه، يسقي الماء، وسد أحد بابي المسجد الذي كان في ذلك الزقاق وهو الباب الاسفل منهما موضعه في جدر المسجد، وجعل الباب الآخر بابا لدار العجلة، فضيّقه وبوبه، فهو باب دار العجلة إلى يومنا هذا.
ومما جعل أبو جعفر أيضا الباب الذي يسلك منه إلى دار حجير بن أبي أهاب، بين دار العجلة وبين دار الندوة، وباب دار الندوة، فهذه الأبواب السبعة من جعل أبي جعفر أمير المؤمنين، وأما الأبواب التي من زيادة المهدي فمنها الباب الذي في دار شيبة بن عثمان، وهو طاق واحد، ومنها الباب الذي يدخل منه الخلفاء كان يقال له باب بني عبد شمس، ويعرف اليوم: ببني شيبة الكبير، وهو ثلاثة طيقان، وفيها اسطوانتان، وبين يديه بلاط مفروش من حجارة، وفي عتبة الباب حجارة طوال مفروشة بها العتبة يزعم بعض الناس انها كانت من أوثان الجاهلية. وقال آخرون: انما هي حجارة كانت فضلت مما قلع