إن الباحث الذي يستخدم طريقة الملاحظة الطبيعية عليه أن يكون متنبهًا إلى سلوكه هو أثناء الملاحظة حتى لا يقع في أخطاء التحيز, والذي يتمثل في ميله إلى تدعيم فكرته المسبقة عن السلوك الإنساني, وقد يؤدي به هذا إلى المبالغة في جمع بعض الملاحظات عن طريق الاهتمام الزائد، أو التهوين من بعضها عن طريق الإهمال, وهو بهذا يتجاوز مهمته كمسجل للأحداث كما تقع بالفعل, وكما تسجلها الكاميرا العادية إلى آلة تضخم بعض الأحداث عن طريق التكبير, أو تقلل من شأنها عن طريق التصغير.
ومن مشكلات طرق الملاحظة الطبيعية أن الملاحظ قد يتجاوز حدد مهمته أيضًا إذا تدخل في عملية التسجيل التي يقوم عليها الوصف الدقيق للظواهر وحوَّلها إلى مستوى التفسير، ولذلك فإن كثيرًا من تقارير الملاحظة لا يعتد بها إذا تضمنت الكثير من آراء الباحث وطرقه في فهم الأحداث بدلًا من أن يتضمن وصفًا دقيقًا للأحداث ذاتها, وإحدى طرق زيادة الدقة في هذا الصدد تحديد أنواع الأنشطة التي تعد أمثلة للسلوك موضوع الملاحظة، وتكون هذه الأنشطة تعريفًا إجرائيًّا لهذا السلوك.
وتتضمن المشكلة السابقة قضية الموضوعية في الملاحظة, فإذا لم تكن ملاحظتنا إلّا محض تفسيراتنا وتأويلاتنا وفهمنا للأحداث؛ فبالطبع لن يحدث بيننا "الاتفاق المستقلّ" في الوصف؛ لأنها سمحت بأن تلعب جوانبنا الذاتية دورًا في ملاحظاتنا, ومن الشروط التي يجب أن نتحقق منها في طريق الملاحظة شرط الثبات, وهو هنا ثبات الملاحظين, ويتطلب ذلك أن يقوم بملاحظة نفس الأفراد في نفس السلوك موضع البحث أكثر من ملاحظ واحد, على أن يكونوا مستقلين تمامًا بعضهم عن بعض، ثم تتم المقارنة بين الملاحظين, فإذا كان بينهم قدر من "الاتفاق المستقل" فيما يسجلون, أمكننا الحكم على الملاحظة بالدقة والثبات، وإلّا كانت نتائج الملاحظة موضع شك. وبالطبع فإن هذا الثبات يزداد في طرق الملاحظة المقيدة عنه في طرق الملاحظة المفتوحة.
وتحتاج طرق الملاحظة الطبيعية إلى التدريب على رؤية أو سماع ما يجب رؤيته أو سماعه وتسجيله, وتدلنا خبرة رجال القضاء أن شهادة شهود العيان في كثير من الحالات تكون غير دقيقة؛ لأنهم بالطبع غير مدربين على الملاحظة, وما لم يتدرب الملاحظ تدريبًا جيدًا على الملاحظة, فإن تقاريره لن تتجاوز حدود الوصف الذاتي المحض، وهي بهذا تكون عديمة الجدوى في أغراض البحث