خلال السنوات الأولى من هذه المرحلة يتعرض معظم الأطفال للأنواع المختلفة من أمراض الأطفال الشائعة؛ كالحصبة والسعال الديكي والجديري وغيرها, وباستثناء هذه الأمراض, فإن مرحلة الطفولة المتأخرة يمكن وصفها بصفةٍ عامَّةٍ بأنها مرحلة صحة جسمية, وبالطبع قد يحدث أحيانًا أن يعاني الطفل من اضطرابات المعدة أو أمراض البرد, إلّا أنها عادةً ما تكون لفترات قصيرة, ولا تترك أثرًا في البنية الجسمية للطفل, وحتى لو كان المرض متكررًا, فإنه نادرًا ما يؤدي إلي موت الطفل في هذه المرحلة إذا قارنَّا ذلك بالمراحل السابقة.
وفي السنوات الأخيرة انخفض معدَّل وفيات الأطفال بصفة عامة, ويرجع ذلك بالطبع إلى التقدُّم في ميدان الخدمات الطبية للأطفال, وخاصة في ميدان الأمراض المعدية والتدرن الرئوي والتهاب اللوزتين وغيرها.
وتُعْتَبَرُ الآثار النفسية للأمراض في هذه المرحلة أشد من آثارها الجسمية؛ فالمرض يحدث اضطرابًا في التوازن العضوي للجسم, ويؤثِّرُ بالتَّالى على سلوك الطفل واتجاهاته؛ بحيث يجعله متوترًا لحوحًا في مطالبه, بالإضافة إلى ما يسببه له المرض من غيابٍ عن المدرسة, وحرمانه من الاشتراك مع الأقران في اللعب بعد المدرسة, مما يؤثِّرُ على اكتسابه للمهارات اللازمة للتكيف في هذه المرحلة. وقد ثبت أن من أهم أسباب التغيب عن المدرسة في هذه المرحلة الأسباب الطبية, في حين لا يزيد عدد حالات الغياب لغير هذه الأسباب عن ١٣% فقط, وبالإضافة إلي ذلك توجد نسبة من الأطفال ينتظمون في الدراسة, ومع ذلك يعانون من نقائص جسمية مختلفة؛ كنقص البصر وضعف السمع وسوء التغذية وتسوس الأسنان, وبالإضافة إلى ذلك يعاني بعض الأطفال من أمراضٍ متوطنةٍ متنوعةٍ, وأمراض مزمنةٍ؛ كأمراض القلب والكساح والحساسية والسكر, بالإضافة إلى البلهاريسيا والأنكلوستوما.