وعن عمرو بن شمر عن جابر قال: قال لي محمد بن علي: يا جابر بلغني أن قوماً بالعراق يزعمون أنهم يحبونا وينالون أبا بكر وعمرو، ويزعمون أني أمرتهم بذلك فأبلغهم أني إلى الله منهم بريء، والذي نفس محمد بيده لو وليت لتقربت إلى الله عز وجل بدمائهم، لا نالتني شفاعةُ محمد إن لم أكن أستغفر لهما وأترحّم عليهما إن أعداء الله لغافلون عنهما.
وعن أفلح، مولى محمد بن علي، قال: خرجت مع محمد بن علي حاجا فلما دخل المسجد نظر إلى البيت فبكى حتى علا صوته فقلت بأبي أنت وأمي إن الناس ينظرون إليك فلو رفقت بصوتك قليلاً قال: ويحك يا أفلح، ولم لا أبكي؟ لعل الله ينظر إليّ منه برحمة فأفوز بها عنده غداً قال: ثم طاف بالبيت ثم جاء حتى ركع عند المقام فرفع رأسه من سجوده فإذا موضع سجوده مبتل من دموع عينيه.
وعن خالد بن دينار عن أبي جعفر أنه كان إذا ضحك قال: اللهم لا تمقتني.
وعن عبد الله بن عطاء قال: ما رأيت العلماء عند أحد أصغر منهم علماً عند أبي جعفر (محمد بن علي) لقد رأيت الحكم عنده كأنه متعلم.
وعن أحمد بن يحيى قال: قال محمد بن علي: كان لي أخ في عيني عظيمٌ، وكان الذي عظمه في عيني صغر الدنيا في عينه.
وعن موسى بن عمير، عن جعفر بن محمد، عن أبيه أنه كان يقول في جوف الليل. أمرتني فلم آتمر، وزجرتني فلم أزدجر، هذا عبدك بين يديك، ولا أعتذر.
محمد بن مسعر قال: قال جعفر بن محمد فقد أبى بلغةً له فقال: لئن ردها الله عز وجل لأحمدنّه محامد يرضاها. فما لبث أن أتى بها بسرجها ولجامها. فركبها. فلما استوى عليها وضمّ عليه ثيابه رفع رأسه إلى السماء وقال الحمد لله. لم يزد عليها. فقيل له في ذلك فقال: وهل تركتُ أو أبقيت شيئاً؟ جعلت الحمد كله لله عز وجل.
وعن أبي حمزة عن أبي جعفر محمد بن علي قال: ما من عبادةٍ أفضل من عفّة بطن أو فرجٍ، وما من شيء أحب إلى الله عز وجل من أن يسأل، وما يدفع القضاء إلا الدعاء. وإن أسرع الخير ثواباً البر وأسرع الشر عقوبة البغي، وكفى بالمرء عيباً أن يبصر من الناس ما يعمى عليه من نفسه، وأن يأمر الناس بما لا يستطيع التحول عنه، وأن يؤذي جليسه بمالا يعنيه.
وعن عبد الله بن الوليد قال: قال لنا أبو جعفر محمد بن علي: يدخل أحدُكم يده كيس صاحبه فيأخذ ما يريد؟ قال قلنا: لا. قال: فلستم إخواناً كما تزعمون.